GDS dsDNA-Fragmentierungsenzym

Das GDS-dsDNA-Fragmentierungsenzym, ein Enzym zur Fragmentierung doppelsträngiger DNA, erzeugt zeitabhängig Brüche in dsDNA und produziert je nach Reaktionszeit DNA-Fragmente mit einer Länge von 50–1.000 bp. Das GDS-dsDNA-Fragmentierungsenzym besteht aus zwei Enzymen: Eines erzeugt zufällig Einzelstrangbrüche in dsDNA, während das andere die Stellen mit Einzelstrangbrüchen erkennt und den gegenüberliegenden DNA-Strang direkt gegenüber dem Bruch schneidet, wodurch dsDNA-Brüche entstehen. Das resultierende DNA-Fragment enthält kurze Überhänge sowie 5'-Phosphat- und 3'-Hydroxylgruppen. Die zufällige Einzelstrangbruchaktivität des GDS-dsDNA-Fragmentierungsenzyms wurde durch die Herstellung von Bibliotheken für die Sequenzierung der nächsten Generation nachgewiesen. Der Vergleich der Sequenzierungsergebnisse von Bibliotheken, die aus mit dem GDS-dsDNA-Fragmentierungsenzym fragmentierter genomischer DNA hergestellt wurden, mit denen mechanisch fragmentierter DNA zeigte, dass das GDS-dsDNA-Fragmentierungsenzym bei der Herstellung von Sequenzierungsbibliotheken keine nachweisbare Verzerrung verursacht und kein Unterschied in der Sequenzabdeckung zwischen den beiden Methoden besteht.

Anwendung
Fragmentierung von dsDNA.

Eigenschaften
Durch Anpassung der Inkubationszeit lässt sich eine zufällige Fragmentierung erzielen.